Una dintre protestatarele care au participat la manifestaţiile împotriva numirii lui Babis în iulie 2018, Jana Filipova, l-a acţionat în judecată pe acesta, invocând faptul că acuzaţiile lansate de prim-ministru au fost denigratoare şi i-au încălcat drepturile. „Sunt mulţumită că judecătoarea a spus că prim-ministrul nu poate minţi în spaţiul public. Din păcate, am ajuns într-o situaţie în care cei mai înalţi reprezentanţi ai statului nu mai sunt o autoritate morală”, a afirmat ea în faţa presei.

Într-o declaraţie dată în iulie 2018, Babis a spus că aceia ca protestează împotriva numirii sale la conducerea guvernului au o anumită motivaţie ocultă, iar în luna următoare el a afirmat că manifestanţii sunt plătiţi. Acuzaţii pe care le-a reluat anul acesta într-un interviu acordat în luna august, când a spus că aceia care protestează împotriva lui sunt „opozanţi politici contractaţi”.

După aflarea verdictului justiţiei, Andrej Babis a declarat că va înainta recurs, estimând că doar şi-a exprimat o opinie asupra unei teme care este dezbătută public.

Manifestaţiile împotriva sa au continuat şi după învestirea în funcţie, Babis fiind investigat pentru conflict de interese şi o presupusă fraudă cu fonduri europene în valoare de 2 milioane de euro de care ar fi beneficiat companiile sale.

Prim-ministrului i se reproşează şi posibile imixtiuni în justiţie, întrucât şi-a plasat persoane apropiate în posturi de responsabilitate din care ar putea influenţa procesul său legat de frauda cu fonduri europene, printre aceste persoane fiind şi ministrul justiţiei, Maria Benesova.

Dar ancheta în acest dosar a fost oprită săptămâna aceasta în urma unei decizii a procurorului de caz, care a recomandat ca Babis să fie exonerat de acuzaţii, instanţa urmând să se pronunţe asupra solicitării.