Potrivit proiectului, activitatea SIS urmează a fi coordonată de către Președintele Republicii Moldova, în limitele competenței sale și va fi supusă controlului parlamentar.

Astfel, SIS va fi condus de un director, numit în funcție de Parlament, la propunerea șefului statului, pe un termen de cinci ani.

De asemenea, eliberarea din funcție a directorului SIS ar putea fi făcută de Parlament la propunerea Președintelui Republicii Moldova sau la propunerea a cel puțin unei treimi din numărul deputaților aleși în cazul în care acesta se va afla în stare de incompatibilitate, în conflict de interese, nu va depune declarația de avere și interese, precum și va exista o hotărâre judecătorească irevocabilă sau în cazul exprimării neîncrederii.

Modificările se referă și la gradele speciale supreme și gradele speciale pentru directorul SIS, care urmează a fi conferite prin decret al Președintelui Republicii Moldova.