Vladimir Molojen a fost învinuit de faptul că a încheiat, din numele Întreprinderii de Stat Registru, care este o structură a Ministerului Dezvoltării Informaţionale, contracte de publicitate cu firma fiului şi soţiei sale, „Altent-Com”. În total, statul ar fi fost prejudiciat cu aproape 3 milioane de lei. Procurorul anticorupţie care a efectuat urmărirea penală, Mihail Ivanov, a argumentat că la încheierea acestor contracte Vladimir Molojen s-a condus de interesul personal şi a comis abuz în serviciu cu urmări grave, deoarece Întreprinderea „Registru” este monopolistă pe piaţa perfectării actelor de indentitate şi altor tipuri de documente, de aceea nu avea nevoie de servicii de publicitate. Procurorul a cerut primei instanţe condamnări pentru toţi cei trei inculpaţi cuprinse între 3 şi 7 ani de privaţiune de libertate, cu încasarea în folosul statului a prejudiciului care i-ar fi fost adus. Cea mai mare sumă - 2 930 327 de lei - ar fi urmat să fie restituită de către Vladimir Molojen, dacă instanţele l-ar fi condamnat şi ar fi acceptat acţiunea civilă depusă de acuzatorul de stat. 

De cealaltă parte, Molojen şi colegii său au declarat în şedinţele primei instanţe că nu au făcut decât să respecte legea şi că sunt nevinovaţi. Ei au susţinut, de asemenea, că prin acţiunile lor nu au adus nici un prejudiciu statului şi nici persoanelor fizice.

Dosar examinat timp de 6 ani în instanţele naţionale, soldat cu declararea nevinovăţiei

Dosarul care are la bază un conflict de interese a fost intentat în anul 2010, iar un an mai târziu a fost deja transmis de procurori pentru examinare instanţei de judecată. Inculpaţii au fost achitaţi de către preşedintele judecătoriei Buiucani, Dorin Dulghier, la 9 decembrie 2015. În hotărâre, Dulghier a scris că nu există parte vătămată care ar fi suferit de pe urma acţiunilor inculpaţilor. 

Sentinţa de achitare emisă de Dorin Dulghier a fost menţinută, la 29 noiembrie 2016, de Curtea de Apel Chişinău, care a consimţit că nu ar exista componentă de infracţiune. Atunci, procurorul de nivelul Curţii de Apel, Cătălin Scutelnic, a declarat pentru Moldova Curată că hotărârea este ilegală, iar avocatul inculpaţilor, Vasile Nicoară, dimpotrivă, a comentat că o altă soluţie pe acest caz nici nu putea fi dată.  

Cazul a ajuns pe masa judecătorilor CSJ Petru Ursache, Constantin Alerguş, Vladimir Timofti, Nadejda Toma şi Ghenadie Nicolaev. Cu excepţia ultimului, magistraţii au respins recursul procurorului şi au apreciat drept corecte deciziile primei şi celei de-a doua instanţe, care i-au achitat pe inculpaţi. Ei au notat că recursul nu ar fi fost suficient de bine motivat de către procuror. Totuşi, magistraţii au notat că procurorul a invocat aprecierea eronată a unor probe în instanţele inferioare, iar CSJ nu putea reveni la aprecierea probelor, competenţa sa fiind „verificarea erorilor de drept comise de instanţele de fond”.  

Opinie separată: „În urma acţiunilor inculpatului a avut de suferit bugetul statului”

Ghenadie Nicolaev, care a avut o opinie separată în acest caz, a notat că hotărârea Curţii de Apel ar fi trebuit casată, iar dosarul - remis la rejudecare în aceeaşi instanţă, într-un alt complet de judecată. „Consider că în cauza dată, de către organul de urmărire penală au fost administrate suficiente probe încât să demonstreze vinovăţia inculpaţilor Molojen Vl., Gumeniuc A., Goncearov V. în comiterea infracţiunii prevăzute de art. 327 Cod penal, din care considerente nu pot susţine poziţia instanţelor de fond, precum că acţiunile inculpaţilor nu întrunesc elementele constitutive ale infracţiunilor incriminate”, a scris Ghenadie Nicolaev în Opinia separată. 

Referitor la argumentul instanţelor inferioare că procurorul nu ar fi indicat cui concret i-au fost aduse prejudicii prin acţiunile inculpaţilor, magistratul de la instanţa supremă a comentat: „Faptul că procurorul nu a indicat în ordonanţa de punere sub învinuire şi în rechizitoriu cui i-a fost cauzat prejudiciu material reprezintă o eroare materială care ar urma să fie corectată în baza art. 249 Cod de procedură penală, deoarece în cazul dat este evident că prejudiciul a fost cauzat întreprinderii în care activau inculpaţii.

În situaţia dată, întreprinderea ÎS „CRIS Registru” este o întreprindere de stat, al cărei capital social aparţine în întregime statului, ceea ce denotă faptul că prin prejudiciul cauzat întreprinderii date, de fapt a fost prejudiciat bugetul statului”.Hotărârea CSJ pune punct în dosarul penal deschis pe numele lui Vladimir Molojen şi al subalternilor săi, dosar care a fost instrumentat şi examinat în instanţele naţionale timp de 7 ani. Hotărârea este irevocabilă şi îl absolveşte pe fostul ministru de orice fel de răspundere, atât penală, cât şi materială.