Monitorizarea pe termen lung indică faptul că această specie suferă fluctuaţii severe, în primul rând ca urmare a perturbaţiilor marine care pot deveni mai extreme. Aceste perturbaţii au generat o reducere globală foarte rapidă a populaţiei de pinguini în ultimele trei generaţii (34 de ani). În plus, are o populaţie mică (mai puţin de 2000 de exemplare) şi este limitată la un habitat restrâns, aproape toate păsările crescând într-o singură locaţie.Ultimele evenimente puternice El Nino au cauzat mortalităţi de până la 77%, din cauza reducerii ratei de înmulţire şi a declinului dramatic al speciilor ce reprezintă prada pinguinilor. Alţi factori care reprezintă o ameninţare pentru pinguinii de Galapagos sunt speciile introduse, cum ar fi câinii, care poartă boli ce se pot răspândi şi la pinguini, în timp ce pisicile reprezintă o ameninţare ca prădători. Toţi aceşti factori califică specia ca fiind pe cale de dispariţie.